「ij6setoperatorid」でサービス運用ユーザーを変更した場合は、運用操作や定義項目に指定したJava EE 6共通ディレクトリ以外のパスやファイルに対して、サービス運用ユーザーに指定したユーザーがファイル、パスを参照できるよう、事前に適切な読み取り権限を設定してください。
また、以下の資源に対してはサービス運用ユーザーで書き込み可能な権限を付与する必要があります。
書き込み権限を変更する必要がある資源
ログ出力ディレクトリ
サーバーログ:「ログ出力ディレクトリ」
HTTPアクセスログ:「ログ出力ディレクトリ」
HTTPトレースログ:「ログ出力ディレクトリ」
以上に加えて、Java EE 6共通ディレクトリ配下の資産について、所有者グループをサービス運用ユーザーのプライマリグループに設定してください。