外字データライブラリの文字で既存の外字が置き換わるため、既存文字のクリアと同時に拡張/縮小制御ビットもクリアされます。
日本語資源管理の拡張/縮小制御ビットの付加機能により、再度付加してください。
参照
"Charset Manager 使用手引書 日本語資源管理編"の"4.6.3 拡張/縮小制御ビットの付加と削除"