運用文字コードは、Charset-Web入力のインストール時に設定します。
この設定を運用中に変えた場合、それまでに運用していた日本語資源を続けて運用できなくなります。インストール前に、運用文字コードを何に設定するかを十分検討してください。
参考
運用文字コードの変更については、「運用ガイド」の付録Cを参照してください。