COBOLは互換性がきわめて重要視される言語です。しかし、プラットフォームの機能差や連携するミドルウェアとの関係から、完全な互換性を保証することはできません。このため、同じNetCOBOL製品であっても、各プラットフォーム向けの製品間に細かな仕様上、機能上の違いが存在します。
ここでは各プラットフォーム向けのNetCOBOL製品間の仕様上/機能上の相違点について、いくつかのカテゴリに分けて説明します。