SMTPサーバのポートの設定は以下のコマンドで変更してください。
【Windows】
"%SWCTMG_HOME%\glassfish3\bin\asadmin" %OPTION% set server.resources.mail-resource.mail/BSSMail.property.mail-smtp-port=<SMTPサーバのポート番号>
【Linux】
/opt/FJSVctbss/glassfish3/bin/asadmin $OPTION set server.resources.mail-resource.mail/BSSMail.property.mail-smtp-port=<SMTPサーバのポート番号>