Systemwalker Centric Manager 業務サーバをインストールした後は、Agentのサービス/デーモンは未登録のため、停止不要です。
過去に、Agentのセットアップを実行していて、Agentのサービス/デーモンが起動している場合は、リファレンスマニュアル「常駐プロセス、起動と停止」を参照して、サービス/デーモンを停止してください。