JSPのコンパイラはJSPとコンパイル結果のタイムスタンプを比較し、JSPのタイムスタンプの方が新しい場合にのみJSPをコンパイルします。 JSPを更新した場合はJSPのタイムスタンプをマシンの現在値にあわせてください。
ijscompilejspコマンドを使用する場合は、-aオプションを使用すれば、すべてのJSPをコンパイルできます。