非互換
FUJITSU Enterprise Postgres 13では、Npgsql.NetTopologySuiteのバージョンを上げました。このためにNetTopologySuite 2.0.0とEntity Framework Core 3.xが必要です。Net TopologySuite2.0.0を利用するためには、Entity Framework Core 2.xを引き続き利用することは出来ません。
対処方法
NetTopologySuite 2.0.0とEntity Framework Core 3.xをインストールしてください。