JEF拡張漢字サポートをインストールしたユーザー以外で、JEF拡張漢字サポートのソ説にある“インストールした管理者以外のユーザー権限で、Unicode-JEF明朝フォントを使用する時”の処理を行なわずに、外字の適用処理を行ったためです。
以下の処理を行なってください。
f3ceudcl.exe /s "FUJ明朝体" /f "JEF拡張漢字サポートのインストールディレクトリ\F3baujm3.tte" /r