ElasticsearchのIndexはデフォルト"logstash-YYYY.MM.DD"の形式で日ごとに保存されます。ストレージ領域が枯渇しないように、Indexを定期的に削除する必要があります。
Indexの削除は、ElasticsearchのAPIを利用して削除できます。
curl -XDELETE http://`kubectl -n fj-esdp-system get svc | grep 'elasticsearch-master '| awk -F " " '{print $3}'`:9200/<インデックス名>?pretty=true
下記のようなシェルスクリプトを作成して、cron等により毎日定期実行することで1週間前に作成されたIndexを自動で削除するような運用を行ってください。
#!/bin/sh
DATE=`date +"%Y.%m.%d" --date="7 days ago"`
INDEX=logstash-$DATE
curl -XDELETE http://`kubectl -n fj-esdp-system get svc | grep 'elasticsearch-master '| awk -F " " '{print $3}'`:9200/$INDEX
APIについての詳細はElasticsearchの公式ドキュメントを参照してください。