OSのスタートアップにおける外字ファイル関連づけコマンドや外字適用処理の実行を遅らせてください。 (例:timeoutコマンドで一定の時間待機させてから実行するなど)
また、表示されなくなった外字については、外字エディタ(eudcedit)の起動/終了を行うことで表示できるようになります。