仕様です。 JEFフォントに適用するには、管理者権限が必要です。一般ユーザーでの運用設定を行っても、 JEFフォントへの適用はできません。
V9.0.0、 V9.1.0、 V9.1.1では一般ユーザーの JEFフォントへの適用方法をマニュアルに記載していましたが、誤りであったため、削除しています。
参照
" Charset Manager 使用手引書 日本語資源適用編"の" 2.2.1.1 ユーザーアカウント制御が有効な環境の場合"
管理者権限のユーザーで適用してください。