仕様です。日本語資源管理で削除された文字は、文字パターンが定義されていない文字と同じため、配付されません。そのため、適用先の文字は削除されません。
適用するマシンで以下のコマンドを実行し、外字を初期化したあとに、再度配付／適用してください。
F3CEMFRM.EXE /I /INIT /S 登録システム名
参照
