Interstage Application Server V12.1.0より、暗号アルゴリズムに関する動作が、V12.0.0 以前と変わる場合があります。
署名付きJARファイルがMD5を使用している場合、そのJARは署名されていないものとして扱われます。
JDK/JRE 7 :Update 141以降(Interstage Application Server V12.1.0)
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/documentation/javase7supportreleasenotes-1601161.html#R170_141
JDK/JRE 8 :Update 131以降(Interstage Application Server V12.1.0)
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/8u131-relnotes-3565278.html
keytoolおよびjarsignerのデフォルトの署名アルゴリズムが、基になる鍵ペアがDSA鍵の場合に、SHA1withDSAからSHA256withDSAへ変更されました。また、基になる鍵ペアがDSA鍵の場合、keytoolのデフォルトのキーサイズは1024ビットから2048ビットへ変更されました。
これにより、デフォルトの署名アルゴリズムを利用している場合、署名や検証で失敗する可能性があります。
JDK/JRE 7 :Update 161以降(Interstage Application Server V12.1.0)
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/documentation/javase7supportreleasenotes-1601161.html#R170_161
JDK/JRE 8 :Update 151以降(Interstage Application Server V12.1.0)
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/8u151-relnotes-3850493.html