MapReduceアプリケーションはMapReduceフレームワークから起動されます。MapReduceアプリケーションから一定時間応答が無い(データが出力されない)場合、タイムアウトとして処理が打ち切られ、ジョブが失敗します。レコードの処理に時間がかかる場合、あらかじめタイムアウト時間(Apache Hadoopのプロパティmapred.task.timeoutで指定)を延長してください。