JDK6のインストール先をデフォルトの“<Interstageインストールディレクトリ>\JDK6”から変更している場合、以下のファイルを編集してください。
<INSDIR>\bin\esienv.bat
以下は、JDK6のインストール先を“C:\IS\JDK6”に変更した場合の編集例です。
SET ISI_JAVA_HOME=C:\IS\JDK6