WNSを使用するハイブリッドアプリケーションは、Visual Studioを使用してWNSの設定をする必要があります。
Visual StudioでWNSの設定をした後に、cordova build/run/emulate/prepareコマンドを実行すると、WNSが使用できなくなります。
Visual StudioでWNSの設定を行った後に、プラグインの変更やHTML/JavaScript等、アプリケーションを修正する場合は、 アプリケーションを修正した後に以下の対処をしてください。