原因
Excelファイル出力機能の仕様です。
印刷やPDFファイル保存では項目を複数重ねて定義し、出力したい項目だけにデータを設定することで出力を切り替えることができますが、Excelファイル出力の場合は切り替えて出力することはできません。
対処方法
対処方法はありません。
なお、項目が重なっている場合の出力順序については、オンラインマニュアル“Excelファイル出力機能編”の項目の重なりについての記載を参照してください。