iOS端末でスマートデバイス用CTが不要になった場合、以下の手順でスマートデバイス用CTをアンインストールしてください。画面例は、iOS 6.0.1のものです。
iOS端末より[設定]→[一般]→[プロファイル]より、登録されている以下のプロファイルを削除してください。
Profile Service Enroll
CA証明書(サーバ)
CA証明書(クライアント)