以下のディレクトリが削除されていることを確認してください。
%インストールディレクトリ%\fjsvpgs_data
%インストールディレクトリ%\fjje6_domainsroot
/var/opt/FJSVar/fjsvpgs_data
/var/opt/FJSVar/fjje6_domainsroot
再セットアップ実行時、上記ディレクトリが残っていた場合は、削除後にセットアップ操作を実行してください。