ジョブの実行環境で実行する、コマンドやバッチファイルは、バッチワークユニット内のコンテナプロセスより実行されます。バッチワークユニット内のコンテナプロセスは、ローカルシステムアカウントの権限となります。
ローカルシステムアカウントの権限でコマンドやバッチファイルが動作するため、コマンドやバッチファイルの動作内容について十分にテストを行った後に配置してください。