CMGR V15.0.0以降の業務サーバのインストール時に格納されたSQCのインストーラでSQC Agentをインストールした後、またはCMGR V13.6.x以前の業務サーバをインストールした後は、SQC Agentのサービス/デーモンは未登録のため、停止不要です。
過去に、SQC Agentのセットアップを実行していて、SQC Agentのサービス/デーモンが起動している場合は、リファレンスマニュアル「常駐プロセス、起動と停止」を参照して、サービス/デーモンを停止してください。