以下のコマンドで変更してください。
【Windows】
"%SWCTMG_HOME%\glassfish3\bin\asadmin" %OPTION% set server-config.iiop-service.iiop-listener.SSL_MUTUALAUTH.port=<PORT NO>
【Linux】
/opt/FJSVctbss/glassfish3/bin/asadmin $OPTION set server-config.iiop-service.iiop-listener.SSL_MUTUALAUTH.port=<PORT NO>