以下のコマンドで変更してください。
【Windows】
"%SWCTMG_HOME%\glassfish\bin\asadmin" set %OPTION% server.jms-service.jms-host.default_JMS_host.port=<PORT NO>
【Linux】
/opt/FJSVctbss/glassfish/bin/asadmin set $OPTION server.jms-service.jms-host.default_JMS_host.port=<PORT NO>