Windowsのシステム環境変数PATHにはデフォルトでJDK6/JRE6のパスが設定されます。そのため、Javaのパスを指定せずにjavaコマンドを実行した場合、JDK6/JRE6で動作します。しかし、J2EEアプリケーションクライアントは、JDK5/JRE5で動作させる必要があります。
J2EEアプリケーションクライアントを動作させる場合、JDK5/JRE5のパスを明示的に設定してください。