クライアントアプリケーションがサーバアプリケーションと通信する際、最初にコネクション接続を行います。サーバマシンが未起動状態などの理由でパケットが接続先に到達できない場合、一般的にコネクション接続がタイムアウトするまでに3分程度かかります(タイムアウト時間は、OSの制御に依存します)。
コネクション接続が完了するまでは、クライアントタイムアウト機能が有効となりません。通信時にサーバマシンが未起動状態などの可能性がある場合は、コネクション接続がタイムアウトするまでの時間を考慮した運用を行ってください。