エントリを削除するには、以下のメソッドを使用します。
javax.naming.Context.destroySubcontext()
削除するエントリのDNを指定します。
ctx.destroySubcontext("cn=User001,ou=User");
下位エントリがあるエントリ(サブツリー)に対して、一度の操作で、削除することはできません。リーフ(最下位)エントリから順に、削除してください。