SCIGRESS MO Compact 機能
計算可能な原子種
構成
MO Compact GUI
MO Compactは、分子のモデリングから分子軌道計算,計算結果のグラフィカルな解析までをWindows(R)上でシームレスに実現するソフトウェアです。 計算エンジンとして、半経験的分子軌道計算プログラム"MO-G"と、紫外・可視吸収スペクトルの計算に適した"MO-S"を搭載しています。 物性・反応性予測,構造解析を手軽に高速に行うことができ、様々な研究・開発分野における研究者の創造力を広げます。 また、分子構造,分子軌道を高品位に描画でき、論文,レポート,プレゼンテーション資料の作成にも有用なツールです。
分子モデル構築機能
- 新規作成/既存ファイル読み込み
- テンプレート100種
- 原子ラベル変更
- 原子指定番号変更
- 分子上の原子&結合削除
- 結合距離,結合角及びニ面体角の表示/変更
- 定義された結合長への変更
(注) タンパク質のモデリング機能はありません
分子の表示形式
- 原子ラベル表示
- 原子指定番号表示
- 水素非表示機能
- 分子モデル表示 : 線画, ハーフベクター, ボール&スティック, スペースフィル
- 分子軌道/電子密度表示 : 点描, 線描, 塗りつぶし及びこれらの半透明, スムージング
MO-G
様々な分子系に対する物性予測、構造解析のために最も広く使用されている半経験的分子軌道計算プログラムです。高速計算ルーチンMOZYMEを搭載し、10,000原子(注)に及ぶ巨大分子系に対する計算を実用的なスピードで行うことが可能です。
（注）5,000原子以上は単体モジュールの計算のみ対応
サポートされている計算手法・・・MINDO/3,MNDO,MNDO-d,AM1,PM3,PM5法
MO-S
励起状態の計算に適した半経験的分子軌道計算プログラム。有機分子の紫外・可視スペクトルを精度良く求めることが可能です。また、溶媒効果を含めた計算も行えます。
サポートされている計算手法・・・CNDO/2, CNDO/S, CNDO/S2, CNDO/S3, INDO/S, AM1, PM3, PM5法
新機能
遷移金属パラメーター追加（s-p-d basis set）
NINDO,AM1,PM3,PM5法に遷移金属パラメーターを追加し、合計13種（Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt)の遷移金属が計算可能になりました。
MO-Sの新しい特長
AM1,PM3,PM5パラメーターによる紫外・可視吸収スペクトル、溶媒効果、分極率、超分極率の計算Direct SCF法、Direct Four-index inetegral transformation法による省メモリ・高速計算
AM1,PM3,PM5パラメーターで計算可能な原子種：希ガスおよびPo,At,Fr,Raを除く典型元素およびZn,Cd,Hg（全37種）
可能な計算一覧
- MOZYME法によるLinear Scaling SCF計算
- 蛋白質構造入出力に関するユーティリティ機能
- 構造最適化 (EF, BFGS, LBFGS, NLLSQ, SIGMA法)
- 遷移状態計算
- エネルギー分割
- 溶媒効果計算 (Linear-scaling COSMO法, COSMO法, TOMASIモデル)
- 内部反応座標計算 (IRC)
- 動的反応座標計算 (DRC)
- 項間交差構造の解析
- 超分極率計算
- 対称性の自動認識 (8次までの点群表記)
- 赤外スペクトル計算
- 紫外・可視スペクトル計算
- 基準振動解析
- 励起状態計算
- 開殻系, ラジカルの計算
- 周期境界条件を用いた計算
- Parametric Molecular Electrostatic Potential
- ESP計算による原子電荷
表示可能な計算結果
- 最適化構造
- 生成熱
- 原子電荷(Mulliken)
- 超分極率
- 双極子モーメント
- 基準振動
- 分子軌道, 分子軌道重ね合わせ
- 電子密度 (Total Density, Spin Density, Difference Map)
- 紫外・可視吸収スペクトル
- IRスペクトル
- IRC/DRC計算
- 反応座標計算 (キーワード"Step&Point"に対応)
- 溶媒中の系のエネルギー
- Gradient Norm
- エネルギー分割
- ESP計算による原子電荷
- 結合次数
- 静電ポテンシャル
- Parametric Molecular Electrostatic Potential
- 励起状態
- outファイル表示
（注）ここに表示のない計算結果につきましては、outファイルを直接見るという形になります。
サポートされているファイル形式
入力ファイル
- Z-matrixファイル
- Gaussian型Z-matrixファイル
- Brookhaven Protain Data Bank (PDB) ファイル
- Gaussian formatted checkpoint (fchk) ファイル
- Cartesianファイル
- SCIGRESS（wmp,wms）ファイル（旧製品との互換性用）
出力ファイル
- Z-matrixファイル
- Gaussian型Z-matrixファイル
- Cartesianファイル
- Gridファイル
- Bitmapファイル
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